平成２３年度税制改正により、平成２４年４月１日以後開始する課税期間から、その課税売上高が５億円を超える場合には、課税売上割合が９５％以上であったとしても、課税仕入れに係る消費税額が全額控除できず、その消費税額の一部しか控除ができないことになります。
いわゆる「９５％ルール」が適用できなくなりますので、事前に経理処理の見直しなどの対応が必要となりますから注意しましょう。
1. 消費税の計算方法
消費税の納付税額の計算は、課税売上げに係る消費税（仮受消費税等）から課税仕入れに係る消費税（仮払消費税等）を控除します。
この際に控除する課税仕入れに係る消費税を仕入控除税額といいます。
消費税の納付税額 ＝ 課税売上げに係る消費税 － 課税仕入れに係る消費税（仕入控除税額）
2. 改正前の内容
簡易課税制度の適用を受けない場合の改正前の仕入税額控除の計算は、課税売上割合が９５％以上のときは、課税仕入れに係る消費税の全額が控除できますが、課税売上割合が９５％未満のときには、「個別対応方式」又は「一括比例配分方式」のいずれかによりに計算することになります。
(1) 課税売上割合
(2) 個別対応方式
その課税期間中の課税仕入れ等について、
①課税売上げにのみ係るもの、
②非課税売上げにのみに係るもの、
③課税売上げと非課税売上げに共通して係るもの、
に明確に区分されている場合には、以下の算式により計算した金額が仕入控除税額となります。
仕入控除税額 = ①に係る消費税額＋（③に係る消費税額×課税売上割合）
(3) 一括比例配分方式
一括比例配分方式は、上記①～③に明確に区分されていない場合、又は個別対応方式が適用できる場合であっても一括比例配分方式を選択した場合に適用ができます。
この場合は以下の算式により計算した金額が仕入控除税額となります。
仕入控除税額 = 課税仕入れ等に係る消費税額×課税売上割合
なお、一括比例配分方式を選択した場合には、一括比例配分方式を２年間以上適用した後でなければ、個別対応方式に変更できません。
3. 改正後の内容
簡易課税制度の適用を受けない場合、平成２４年４月１日以後開始する課税期間から、その課税期間の課税売上高が５億円を超えるときは、課税売上割合が９５％以上であったとしても、仕入控除税額は「個別対応方式」又は「一括比例配分方式」のいずれかで計算しなければなりません。
